പ്രത്യേകമായ കാരണങ്ങള്‍ പറയാന്‍ കഴിയില്ലെങ്കിലും കണ്ണിലെ പേശികളുടെ (മസില്‍) പ്രവര്‍ത്തനത്തിന്‍റെ അസന്തുലിതാവസ്ഥയാണ് കോങ്കണ്ണിന്‍റെ പ്രധാനമായ കാരണം. രണ്ട് കണ്ണും ഒരു പോലെ ഉപയോഗിക്കാനുള്ള കഴിവിനെ ഇത് തടസ്സപ്പെടുത്തും. ഇതുകാരണം, രണ്ട് കണ്ണുകളെ ഒരേ രീതിയില്‍ ഉപയോഗിക്കാന്‍ കഴിയാതെവരുന്നു. ഞരമ്പുകളില്‍ വരുന്ന തകരാറുകളും കോങ്കണ്ണിന് കാരണമാകുന്നു. തലച്ചോറും കണ്ണും തമ്മില്‍ ബന്ധിപ്പിക്കുന്ന ഞരമ്പുകളുടെ തകരാറാണ് കോങ്കണ്ണിന് കാരണമാകുന്നത്.
തലച്ചോറുമായി ബന്ധപ്പെട്ടുണ്ടാകുന്ന പരിക്കുകളും ഇതിന് കാരണ്. കണ്ണിലുണ്ടാകുന്ന കലയും കോങ്കണ്ണിന് കാരണമാകും. കുടുംബ പാരമ്പര്യവും വളരെ കുറഞ്ഞ ശതമാനത്തിലെങ്കിലും കോങ്കണ്ണിന് കാരണമാകുന്നു. കൂടുതല്‍ ശക്തിയുള്ള കണ്ണടകള്‍ വെക്കുന്നവര്‍ കുടുംബത്തിലുണ്ടെങ്കില്‍ ജനിക്കുന്ന കുട്ടികളില്‍ കണ്ണ് സംബന്ധമായ വിശദമായ എല്ലാ പരിശോധനക്കും വിധേയമാക്കേണ്ടതാണ്.
കൂടുതല്‍ കോങ്കണ്ണും ജനനം മുതലേ ഉണ്ടാവുന്നതാണ് എന്ന് നാം മനസ്സിലാക്കണം. എന്നാല്‍, അത് വൈകി കണ്ടത്തെുന്നതുകൊണ്ടാണ് കുട്ടികള്‍ മുതിര്‍ന്നാല്‍ പരിഹരിക്കപ്പെടാതെ പോകുന്നത്. കുഞ്ഞ് ജനിച്ച് നാലു മാസത്തിനുള്ളില്‍ കുഞ്ഞിന്‍റെ കണ്ണ് ഇടക്കിടക്ക് കോങ്കണ്ണുപോലെ ഉണ്ടാകുന്നത് സാധാരണമാണ്. എന്നാല്‍ ഈ ചലനം കണ്ണുകള്‍ക്ക് സ്ഥിരമായുണ്ടെങ്കില്‍ പരിശോധനക്ക് വിധേയമാക്കണം.
കോങ്കണ്ണുള്ളവരില്‍ ശരിയായ ദിശയിലുള്ള കണ്ണ് വക്രതയുള്ള കണ്ണിനെക്കാള്‍ മേല്‍ക്കൈ നേടും. ശരിയായ ദിശയില്‍ പ്രവര്‍ത്തിക്കുന്ന കണ്ണിന്‍റെ എല്ലാ പ്രവര്‍ത്തനങ്ങളും തലച്ചോറുമായി കൃത്യമായ രീതിയില്‍ പ്രവര്‍ത്തിക്കും. വക്രതയുള്ള കണ്ണ് തലച്ചോറുമായി കൃത്യമായ രീതിയില്‍ ബന്ധമില്ലാത്തതുകൊണ്ടുതന്നെ ഒരു വസ്തുവിലേക്ക് നോക്കുമ്പോള്‍ ആ കണ്ണ് പ്രവര്‍ത്തിക്കുന്നത് കൂടുതല്‍ ബുദ്ധിമുട്ട് അനുഭവിക്കും.
കോങ്കണ്ണ് കൃത്യമായി ചികിത്സിച്ചില്ലെങ്കില്‍ ശക്തിയില്ലാത്ത കണ്ണിന്‍റെ കാഴ്ചശക്തി കൂടുതല്‍ മങ്ങിയതാകും. ഇത് കണ്ണിന് ഒരു വസ്തുവിലേക്ക് ശ്രദ്ധ കേന്ദ്രീകരിക്കാനുള്ള ശക്തി നഷ്ടപ്പെടുത്തും. ചിലപ്പോള്‍ സ്ഥായിയായി കാഴ്ചശക്തി നഷ്ടപ്പെടുത്താനും ഇത് കാരണമാകും. ഒരു വസ്തുവിന്‍റെ ത്രിമാന കാഴ്ച ലഭിക്കുന്നതും ഇത് തടസ്സപ്പെടുത്തും.
 പ്രവര്‍ത്തനത്തിന്‍റെ അസന്തുലിതാവസ്ഥയാണ് കോങ്കണ്ണ്){kind=link}